ダム、貯水池、湖沼等に見られる水色変化や異臭を伴う水の華（淡水赤潮やアオコ）のほとんどは、淡水プランクトンの大量発生が原因と考えられます。
当事業団では、このような現象の原因となる種を顕微鏡観察により同定し、計数結果を正確かつ迅速に報告します。
淡水プランクトンが原因とされる水色変化や臭気の異常が発生した場合は、ご依頼に応じて淡水プランクトンの同定を行い、種・属と計数結果をお知らせします。
代表的な淡水プランクトンとしては、下記のようなものが挙げられます。

・桃色の水色を呈する原因となる：カイアシ類
・水の華のような水色を呈する原因となる：ミジンコ類、ワムシ類
・アオコ発生の原因となる藍藻：ミクロキスティス属など
・カビ臭物質を生成する藍藻：アナベナ属など
・淡水赤潮の原因となる渦鞭毛藻：ペリディニウムなど